A queixa mais comum na endometriose é a dor, presente em 80% das mulheres. Esta pode ser expressa através de várias manifestações, e inclui dismenorreia, dispareunia, dor pélvica crónica, disúria e disquézia. Os sintomas desta patologia variam de mulher para mulher em intensidade e extensão. Nem sempre o nível de extensão da doença corresponde a uma maior intensidade de sintomas, sendo até algumas mulheres assintomáticas.